RNA免疫沉淀（RIP）* 實驗原理
RIP（RNA Binding Protein Immunoprecipitation, RNA結合蛋白免疫沉淀）是研究體內 RNA 與蛋白結合情況的技術。
結合了抗體的磁珠或樹脂（Beads）與樣本裂解液孵育，通過”抗原-抗體“之間的免疫作用，誘餌蛋白被吸附在Beads上，與誘餌蛋白結合的RNA，也一起沉淀到Beads上。洗滌去掉未結合的RNA后，再用洗脫液將RNA-蛋白復合物從Beads洗脫下來，便得到RNA免疫沉淀產物。RIP產物既可以用qPCR檢測已知RNA，也可以用二代測序檢測未知RNA。
當沒有合適的誘餌蛋白抗體時，可以通過表達融合了flag標簽的誘餌蛋白，利用flag標簽做免疫沉淀。即細胞過表達Flag-Bait，經裂解后與anti-Flag珠子孵育，誘餌融合蛋白與Beads結合，與誘餌融合蛋白互作的RNA“共沉淀”到Beads上，再經洗滌、洗脫后做qPCR或NGS測序。
輝駿生物10年科研服務經驗，專業提供分子互作實驗服務，包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術，經驗豐富，實驗結果穩定、可靠。
我公司自有分子、細胞和質譜實驗平臺，能執行最優的實驗路線，對微量互作蛋白的質譜鑒定有充足把控力，對后續功能分析有獨到見解。
我們不僅會提供專業的售前方案建議、而且售后技術支持將一直保持到文章發表，確保您安心進行下游實驗及投稿。
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RNA免疫沉淀（RIP）* 實驗流程
內源蛋白的RNA免疫共沉淀流程圖
標簽融合蛋白的RNA免疫共沉淀流程圖
RNA免疫共沉淀（RIP）* 應用背景
RNA結合蛋白（RNA binding protein，RBP）是一類功能強大而廣泛的調節因子，約占細胞編碼的所有蛋白的5%~10%。目前除了少數RNA以核酶形式單獨發揮功能，大部分RNA通過與蛋白結合形成RNA-蛋白復合物來發揮作用。
一方面，RBP參與RNA合成、可變剪接、修飾、轉運、翻譯及胞內定位等多個轉錄后調控過程，調控mRNA穩定性、lncRNA活性、miRNA沉默復合體形成等生物學過程；另一方面，RNA也會調節這些蛋白質的活性、定位或與其他蛋白質的相互作用，從而影響RBP介導的各種細胞事件。RNA與蛋白質的相互作用對于維持細胞穩態是非常重要的，干擾這種相互作用將會導致細胞功能失調和相關疾病的發生。
目前研究RNA-蛋白質相互作用的方法分為兩大類：一是以感興趣的RNA為中心，尋找與該RNA結合的蛋白質；二是以感興趣的蛋白質為中心，尋找與該蛋白質結合的RNA。RIP（RNA免疫共沉淀）屬于后者，利用特異性的抗體捕獲樣本中的目標蛋白，那么與目標蛋白結合的RNA也一并被捕獲，之后通過qPCR或者測序技術來確定這些結合的RNA。
RNA免疫共沉淀（RIP）* 輝駿服務內容
服務項目
| 服務內容 | 結果交付 | 實驗周期 | 客戶提供 | 價格
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RIP qPCR （驗證型） | Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白 | Western blot檢測圖 | 5-6周 | 實驗樣本 誘餌蛋白的IP級抗體 實驗信息表（樣本信息，誘餌蛋白序列） |
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RIP調取誘餌蛋白及其結合的RNA （2組：實驗組和對照組） | 誘餌蛋白Western blot檢測圖
待測RNA的qPCR檢測數據 RIP實驗報告 |
RIP seq （篩選型） | Western blot檢測樣本（input）中的誘餌蛋白 | Western blot檢測圖 | 5-6周 | 實驗樣本 誘餌蛋白的IP級抗體 實驗信息表（樣本信息，誘餌蛋白序列） |
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RIP調取誘餌蛋白及其結合的RNA （2組：實驗組和對照組） | 誘餌蛋白Western blot檢測圖
RIP實驗報告 |
seq檢測和分析 （2組：實驗組和input） | seq檢測結果 檢測和分析報告 | 9周
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RNA免疫共沉淀RIP * 樣本要求
樣本類型
| RIP-qPCR 建議送樣量 | RIP-seq 建議送樣量 |
| 動物細胞 | 3*10e7個細胞/組（約3個10cm皿） | 5*10e7個細胞/組（約5個10cm皿） |
| 動物組織 | 1g/組 | 2g/組 |
| 植物葉片 | 2g/組 | 4g/組 |
| 植物根或果實 | 4g/組 | 8g/組 |
| 菌體 | 50ul菌體沉淀/組 | 100ul菌體沉淀/組 |
▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實驗和對照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細送樣指南可聯系輝駿生物客服或銷售索取。
保存及運輸：-80℃保存，干冰取樣/運輸，至少在送樣前2天通知我司。
RNA免疫共沉淀RIP * 結果示例
RIP-qPCR：誘餌蛋白western blot檢測圖
Normalized to Input | GAPDH | B基因-引物1 | B基因-引物2 |
| Input | 1
| 1 | 1 |
| IgG_RIP | 0.00% | 0.00% | 0.00% |
| A蛋白_RIP | 0.00% | 0.90% | 0.78% |
Normalized to IgG | GAPDH | B基因-引物1 | B基因-引物2 |
| IgG_RIP | 1 | 1 | 1 |
| A蛋白_RIP | 3.053 | 241.241
| 314.227 |
RIP-qPCR：待測基因和內參基因檢測數據
RIP組相對于IgG組的富集圖
RNA免疫共沉淀RIP * 客戶服務案例
Han H. et al: Long noncoding RNA PART1 restrains aggressive gastric cancer through the epigenetic silencing of PDGFB via the PLZF-mediated recruitment of EZH2.
Oncogene. 2020. (IF=9.867)
lncRNA PART1通過PLZF介導的EZH2募集導致PDGFB表觀遺傳沉默來抑制侵襲性胃癌
研究概述
以往研究顯示，一種長鏈非編碼RNA(LncRNA)“PART1”在某些癌癥中有抑癌作用，在某些癌癥中又有致癌作用。人類胃癌組織的GEO芯片數據顯示，lncRNA PART1在胃癌中顯著下調，TCGA數據庫和GEPIA數據庫信息顯示低水平的lncRNA PART1更容易導致腫瘤轉移和患者生存期縮短；但其臨床意義和潛在機制尚未明確。本研究發現的PART1新作用機制是：PART1與AR相互作用，以雄激素非依賴性的模式激活腫瘤抑制因子PLZF，之后PLZF蛋白和EZH2蛋白相互作用，導致PI3K-Akt通路基因PDGFB的啟動子發生H3K27me3修飾，從而使促癌基因PDGFB的轉錄活性受到抑制。
研究路線
細胞、CAM和小鼠實驗均表明PART1水平與胃癌的惡性程度、轉移能力呈負相關RNA-seq實驗發現高表達的PART1下調了PI3K-Akt通路的一些基因，上調了腫瘤抑制基因PLZF，腫瘤組織檢測和TCGA數據庫資料確定了該結果RNA pulldown結合質譜鑒走技術首次發現了PART1的潛在結合蛋白——AR(已有研究表明AR可以激活前列腺瘟中的PLZF并抑制其增殖ChIP和雙熒光素酶實驗表明AR與PLZF啟動子的2個位點結合，PLZF啟動子因AR、PART1的單獨作用或兩者的協同作用而激活數據庫調查和Co-IP結果均顯示PIZF蛋白與EZH2蛋白結合ChIP-qPCR結果表明PI3K-Akt通路蛋白PDGFB的啟動子與PIZF、EZH2蛋白結合、且該區域發生H3K27me3修飾功能回復實驗表明， PDGFB過表達可以部分回復PART1對GC細胞生長、遷移和侵襲、等能力的抑制
RNA免疫共沉淀RIP * 客戶文章
 | 3. Zhang C Y . et al: CircVPRBP inhibits nodal metastasis of cervical cancer by impeding RACK1 O-GlcNAcylation and stability. Oncogene. 2023, IF=8.756. 【研究內容】：淋巴結轉移是宮頸癌（CCa）患者最惡性的臨床特征之一。本研究利用RNA pull down、RIP和Co-IP等實驗發現：circVPRBP與OGT酶競爭結合RACK1蛋白，阻礙RACK1-S122位點的O-GlcNAc修飾來使其降解，從而抑制宮頸癌淋巴結轉移和淋巴管生成。 使用相關技術：RIP-qPCR、RNA pull down MS、免疫共沉淀Co-IP、質譜鑒定 |
實驗熱線：4006991663
